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[IV3D-USERS] Re: Re: Re: ImageVis3D


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: Re: ImageVis3D
  • Date: Tue, 30 Nov 2010 10:18:49 -0700
Dženan Zukić <dzenanz@gmail.com> writes:
> Hi Tom,
> 
> is there some reason for lack of support for
> MetaIO<http://www.itk.org/Wiki/MetaIO/Documentation>?

Yes, you haven't contributed a converter for it ;)

See "Getting Data Into ImageVis3D" for more information on how to do
that:

  http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/GettingDataIntoImageVis3D.pdf

> It is the preferred format (from what I can tell) for ITK
> <http://itk.org>community. Although ITK itself supports NRRD, and
> can convert between its supported formats, I think MetaImage is
> widespread enough that you would want to support it.

We do of course want to support every format that people in the
community utilize, but we live in a bubble of sorts and which formats
are `popular' isn't readily available.  User-contributed converters are
*very* much welcome; part of the reason we wrote the above manual was
to facilitate that.

All that said, I'll add MetaImage to my todo list...

-tom

> On Tue, Nov 30, 2010 at 00:15, tom fogal <tfogal@sci.utah.edu> wrote:
> 
> > Hi Max,
> >
> > Maxence Le Vasseur <maxencelevasseur@hotmail.com> writes:
> > > I converted my images in TIFF and created a Z-stack of tiff images
> > > (in a single file).
> >
> > Oooh, ouch.  Due to an impedance mismatch between how TIFF stores 3D
> > data and how we store 3D data, 3D TIFFs are probably the worst format
> > to put your data in, because accessing it is so slow.  See the "Getting
> > Data Into ImageVis3D" manual for detailed information:
> >
> >  http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/GettingDataIntoImageVis3D.pdf
> >
> > As a quick fix: a series of 2D TIFFs, and then loading from a directory
> > instead of a file would probably work better.
> >
> > > I was able to open and convert some stacks using ImageVis3D but now
> > > it seems impossible to do so. Everytime I try to convert a stack the
> > > software crashes for no apparent reason.
> > >
> > > I was wondering if someone in your team had faced a similar problem
> > > in the past and if you had found a way around it.
> >
> > The 3D TIFF converter was written for a specific collaboration, and I
> > experienced a lot of difficulty finding sample data on the web.  Thus
> > I'm not surprised if there are lurking issues; can't fix what I can't
> > reproduce :)
> >
> > I'd very much like to fix said lurking issues, though.  Could you use
> > the "Report an Issue" feature (under Help) and attach one of the TIFFs
> > which is failing to load, please?
> >
> > As a workaround to get you going ASAP, I'd bet the series-of-2D-TIFFs
> > is your easiest route, since you're already familiar with TIFFs.  The
> > QVis, NRRD, BOV, and (of course) raw formats can be pretty easy too.
> >
> > Thanks,
> >
> > -tom

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