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RE: [SCIRUN-USERS] DICOM


Chronological Thread 
  • From: "Jolley, Matthew" <Matthew.Jolley@cardio.chboston.org>
  • To: "Ehsan Vaghefi" <e.vaghefi@auckland.ac.nz>, scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: RE: [SCIRUN-USERS] DICOM
  • Date: Mon, 19 Mar 2007 17:20:29 -0400
Hello,

What are you trying to import and what format is it in?  Is it off a CT 
scanner or MRI?  Can you get the original DICOM off that machine?

If it is body imaging and you can get the original DICOM format (not 
converted to TIFF,JPG etc) then you can import that into Slicer2.6.  From 
Slicer you choose Volume-->Export--> Choose the file you want to export as a 
NRRD and then save it as a .nrrd file.  The SCI folks can tell you more about 
importing DICOM directly to seg3D but I get it out of DICOM an into NRRD as 
they are single files that compress better and are universal between Slicer 
and SCIRun.  Unu also allows manipulation of NRRDS, all thank to Gordon 
Kindlmann.

I am not sure how to work with jpgs and TIFF files, but somebody else might.

More on unu/nrrd

http://teem.sourceforge.net/unrrdu/index.html

http://teem.sourceforge.net/nrrd/index.ht



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Matthew Jolley, MD
Children's Hospital Boston
Matthew.Jolley@cardio.chboston.org
Pager 6132



-----Original Message-----
From: Ehsan Vaghefi [mailto:e.vaghefi@auckland.ac.nz]
Sent: Mon 3/19/2007 17:05
To: Jolley, Matthew; scirun-users@sci.utah.edu
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM
 
Hi there

Thanks for advice, just one question, How can I convert Tiff images (or 
BMP or JPG) to NRRD files, I hadn't heard of this format before.

Cheers.Ehsan

Jolley, Matthew wrote:
> Hey,
> 
>  
> 
> I mostly use Slicer.  It is actually pretty powerful once you get things 
> down, and the new Slicer 3 is proving to work well.
> 
>  
> 
> I use DICOM imported from a CT scanner and it works just fine in Slicer.  I 
> then save in NRRD which is easier to work with and more compact.  You seem 
> to have a stack of TIFFs which I am less familiar in working with.  Once 
> you get things converted from a stack of TIFFs to a NRRD Seg 3D might have 
> a better time with it as well.  I have never tried the DICOM reader there.
> 
>  
> 
> Steve Pieper is a good contact for getting slicer up and going, but the 
> binaries I sent you before should work out of the box.  Saving your files 
> to a NRRD in slicer and then importing to Seg3D might help.
> 
>  
> 
> pieper@bwh.harvard.edu
> 
>  
> 
> I also work mostly in Linux, and am not familiar with the Windows versions 
> of SLicer and Seg3D.  I know the binaries I sent for Slicer also work well 
> in Windows as long as you don't need more RAM than 32 bit allows, as my PI 
> has used Slicer alot in Windows.
> 
>  
> 
> Open source segmentation software is definitely a work in progress, but it 
> is working out well for me after putting a bit of time in.
> 
>  
> ----------------------------------------------------------------------------------------
> Matthew Jolley, MD
> Children's Hospital Boston
> Matthew.Jolley@cardio.chboston.org 
> <mailto:Matthew.Jolley@cardio.chboston.org> 
> Pager 6132
> 
> ________________________________
> 
> From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Ehsan Vaghefi
> Sent: Mon 3/19/2007 0:53
> To: David Brayford; scirun-users@sci.utah.edu
> Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM
> 
> 
> 
> Hi there
> 
> it is becoming really frustratingly to work with these softwares. I
> tried different versions of Seg3D and none of them worked at all.
> I even tried Bioimage, it says that it supports DICOM files but it can
> not upload my data stack of Dicom files. every time it generates errors
> like "ERROR: (ImportNrrdFromDicom::join_nrrds) Join Error: [nrrd]
> nrrdJoin: trouble allocating permutation nrrd"
> and the "execute" button does not become available either.
> 
> what should I do ?
> 
> cheers. Ehsan
> 
> David Brayford wrote:
>> Ehsan,
>>
>> I experienced a similar problem to the one you are having, which was also a
>> dual Pentium processor machine. Try disabling one of the processors in the
>> bios and see if that helps. If so could you email me back as it might be a
>> bug in the threading and I can flag this up as a possible bug in the 
>> windows
>> version of Seg3D. I am currently building a more current version of Seg3D
>> for windows, if this works I'll send you the executable file.
>>
>> David
>>
>> -----Original Message-----
>> From: Ehsan Vaghefi [mailto:e.vaghefi@auckland.ac.nz]
>> Sent: Sunday, March 18, 2007 2:24 PM
>> To: David Brayford
>> Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM
>>
>> Hi there
>>
>> It runs and it drop down menus are working when I hover my mouse over
>> them but the links on those menus are "inactive" and nothing seems to work.
>>
>> I have a PC (windows XP) with 2GB Ram Dual Pentium 3.2 GHz and lots of
>> other stuff.
>>
>> what seems to be the problem ?
>>
>> Cheers. Ehsan
>>
>> David Brayford wrote:
>>> Hi Ehsan,
>>>
>>> Does Seg3D just hang & in windows task manager, applications Seg3D status
>> is
>>> not responding?
>>>
>>> What is your PCs hardware configuration?
>>>
>>> David
>>>
>>> -----Original Message-----
>>> From: owner-scirun-users@sci.utah.edu
>>> [mailto:owner-scirun-users@sci.utah.edu] On Behalf Of Ehsan Vaghefi
>>> Sent: Thursday, March 15, 2007 7:30 PM
>>> To: Jolley, Matthew; scirun-users@sci.utah.edu
>>> Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM
>>>
>>> Hi there
>>>
>>> I tried 3D slicer but it's not that powerful, I have had lots of trouble
>>> uploading my images(tiff format)and constructing a mesh. on the other I
>>> couldn't install SEG3D on my system. I download the windows SEG3D zip
>>> file and unzip it and run it (every thing is OK till this point) but
>>> then it starts to blink and it freezes after that, can anybody help me ?
>>>
>>> Cheers. Ehsan
>>>
>>> Jolley, Matthew wrote:
>>>> Hello,
>>>>
>>>> You can likely do this in seg 3D (From SCI), as well as 3D Slicer from
>> the
>>> SPL.  We utilize both to do our research...
>>>> You make the models and then save them as NRRD files which are easily
>>> imported to SCIRun as needed...
>>>> http://www.sci.utah.edu/ncrr/wiki/index.php/CIBC:Collab:Triedman
>>>>
>>>> All is open source and free...
>>>>
>>>> http://software.sci.utah.edu/SCIRunDocs/index.php/CIBC:Seg3D
>>>>
>>>> www.slicer.org <http://www.slicer.org>
>>>>
>>>> You can build slicer or download prebuilt binaries...
>>>>
>>>> http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer:Slicer_2.6_Building
>>>>
>>>> http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions   ;(Beta)
>>>>
>>>> http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/
>>>>
>>>>
>> ----------------------------------------------------------------------------
>>> ------------
>>>> Matthew Jolley, MD
>>>> Children's Hospital Boston
>>>> Matthew.Jolley@cardio.chboston.org
>>> <mailto:Matthew.Jolley@cardio.chboston.org>
>>>> Pager 6132
>>>>
>>>> ________________________________
>>>>
>>>> From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Ehsan Vaghefi
>>>> Sent: Tue 3/13/2007 22:51
>>>> To: scirun-users@sci.utah.edu
>>>> Subject: [SCIRUN-USERS] DICOM
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> Hi people
>>>>
>>>> thanks a million to Darby, my Scirun is working fine now, so here is my
>>>> basic question. is there any part in the Scirun that I could import a
>>>> dataset of images (tiff,bmp,...) from a CT machine and generate a 3D
>> model
>>> ?
>>>> cheers. Ehsan
>>>>
>> ===========================================================================
>>>> == The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu
>>> ==
>>>> == for more details.
>>> ==
>>>> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:
>>> ==
>>>> ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
>>> ==
>>>
>> ===========================================================================
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>>> == The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu
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>>> == for more details.
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>>> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:
>> ==
>>> ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
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> == for more details.                                                     ==
> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
> ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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