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Re: [SCIRUN-USERS] DICOM


Chronological Thread 
  • From: Ehsan Vaghefi <e.vaghefi@auckland.ac.nz>
  • To: "Jolley, Matthew" <Matthew.Jolley@cardio.chboston.org>, scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM
  • Date: Tue, 20 Mar 2007 09:05:54 +1200
Hi there

Thanks for advice, just one question, How can I convert Tiff images (or BMP or JPG) to NRRD files, I hadn't heard of this format before.

Cheers.Ehsan

Jolley, Matthew wrote:
Hey,


I mostly use Slicer.  It is actually pretty powerful once you get things 
down, and the new Slicer 3 is proving to work well.


I use DICOM imported from a CT scanner and it works just fine in Slicer.  I 
then save in NRRD which is easier to work with and more compact.  You seem to 
have a stack of TIFFs which I am less familiar in working with.  Once you get 
things converted from a stack of TIFFs to a NRRD Seg 3D might have a better 
time with it as well.  I have never tried the DICOM reader there.


Steve Pieper is a good contact for getting slicer up and going, but the 
binaries I sent you before should work out of the box.  Saving your files to 
a NRRD in slicer and then importing to Seg3D might help.


pieper@bwh.harvard.edu


I also work mostly in Linux, and am not familiar with the Windows versions of 
SLicer and Seg3D.  I know the binaries I sent for Slicer also work well in 
Windows as long as you don't need more RAM than 32 bit allows, as my PI has 
used Slicer alot in Windows.


Open source segmentation software is definitely a work in progress, but it is 
working out well for me after putting a bit of time in.

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Matthew Jolley, MD
Children's Hospital Boston
Matthew.Jolley@cardio.chboston.org <mailto:Matthew.Jolley@cardio.chboston.org> Pager 6132

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From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Ehsan Vaghefi
Sent: Mon 3/19/2007 0:53
To: David Brayford; scirun-users@sci.utah.edu
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM



Hi there

it is becoming really frustratingly to work with these softwares. I
tried different versions of Seg3D and none of them worked at all.
I even tried Bioimage, it says that it supports DICOM files but it can
not upload my data stack of Dicom files. every time it generates errors
like "ERROR: (ImportNrrdFromDicom::join_nrrds) Join Error: [nrrd]
nrrdJoin: trouble allocating permutation nrrd"
and the "execute" button does not become available either.

what should I do ?

cheers. Ehsan

David Brayford wrote:
Ehsan,

I experienced a similar problem to the one you are having, which was also a
dual Pentium processor machine. Try disabling one of the processors in the
bios and see if that helps. If so could you email me back as it might be a
bug in the threading and I can flag this up as a possible bug in the windows
version of Seg3D. I am currently building a more current version of Seg3D
for windows, if this works I'll send you the executable file.

David

-----Original Message-----
From: Ehsan Vaghefi [mailto:e.vaghefi@auckland.ac.nz]
Sent: Sunday, March 18, 2007 2:24 PM
To: David Brayford
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM

Hi there

It runs and it drop down menus are working when I hover my mouse over
them but the links on those menus are "inactive" and nothing seems to work.

I have a PC (windows XP) with 2GB Ram Dual Pentium 3.2 GHz and lots of
other stuff.

what seems to be the problem ?

Cheers. Ehsan

David Brayford wrote:
Hi Ehsan,

Does Seg3D just hang & in windows task manager, applications Seg3D status
is
not responding?

What is your PCs hardware configuration?

David

-----Original Message-----
From: owner-scirun-users@sci.utah.edu
[mailto:owner-scirun-users@sci.utah.edu] On Behalf Of Ehsan Vaghefi
Sent: Thursday, March 15, 2007 7:30 PM
To: Jolley, Matthew; scirun-users@sci.utah.edu
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM

Hi there

I tried 3D slicer but it's not that powerful, I have had lots of trouble
uploading my images(tiff format)and constructing a mesh. on the other I
couldn't install SEG3D on my system. I download the windows SEG3D zip
file and unzip it and run it (every thing is OK till this point) but
then it starts to blink and it freezes after that, can anybody help me ?

Cheers. Ehsan

Jolley, Matthew wrote:
Hello,

You can likely do this in seg 3D (From SCI), as well as 3D Slicer from
the
SPL.  We utilize both to do our research...
You make the models and then save them as NRRD files which are easily
imported to SCIRun as needed...
http://www.sci.utah.edu/ncrr/wiki/index.php/CIBC:Collab:Triedman

All is open source and free...

http://software.sci.utah.edu/SCIRunDocs/index.php/CIBC:Seg3D

www.slicer.org <http://www.slicer.org>

You can build slicer or download prebuilt binaries...

http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer:Slicer_2.6_Building

http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions   ;(Beta)

http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/


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Matthew Jolley, MD
Children's Hospital Boston
Matthew.Jolley@cardio.chboston.org
<mailto:Matthew.Jolley@cardio.chboston.org>
Pager 6132

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From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Ehsan Vaghefi
Sent: Tue 3/13/2007 22:51
To: scirun-users@sci.utah.edu
Subject: [SCIRUN-USERS] DICOM



Hi people

thanks a million to Darby, my Scirun is working fine now, so here is my
basic question. is there any part in the Scirun that I could import a
dataset of images (tiff,bmp,...) from a CT machine and generate a 3D
model
?
cheers. Ehsan

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== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu
==
== for more details.
==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:
==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
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