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[Seg3D] Re: Re: Re: export segmentations?


Chronological Thread 
  • From: Michael Callahan <callahan@sci.utah.edu>
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: export segmentations?
  • Date: Thu, 19 Feb 2009 07:19:27 -0700
So this is the itkThresholdSegmentationLevelSetFilter from ITK and take
in the same parameters.  There is a section on this filter buried in the
ITK Software Guide somewhere.  It may or may not cover what you are
asking about.

http://www.itk.org/ITK/help/documentation.html

  Michael

On Thu, 2009-02-19 at 03:11 -0800, Dylan Morris wrote:
> Thanks. I should have tried the program before I asked the question.  
> Hopefully this is a better one:
> 
> Does anyone have advice on how to find good parameters for the  
> Threshold Segmentation Level Set Filter?
> 
> I realize the appropriate values for these parameters are probably  
> quite data-specific, but is there some protocol that describes how  
> best to find them?
> 
> Thanks again, Dylan
> 
> 
> On Feb 17, 2009, at 6:11 PM, Michael Callahan wrote:
> 
> > File->Export Segmentation will write out a nrrd file with one or more
> > segmentations in it.
> >
> >  Michael
> >
> > On Tue, 2009-02-17 at 17:46 -0800, Dylan Morris wrote:
> >> Hi List,
> >>
> >> I was wondering if someone could tell me how I might export my
> >> segmentations? I saw this listed as a crucial future feature; any  
> >> idea
> >> when to expect it? In the meantime, is anyone aware of a workaround?
> >> Can I export the segmentation as a volume mask and then create the
> >> isosurface in another program?
> >>
> >> Thanks,
> >> Dylan
> >>
> >> Dylan Morris
> >> Graduate Student
> >> Biochemistry and Molecular Biophysics
> >> California Institute of Technology
> >> MC 114-96, 1200 E California Blvd
> >> Pasadena, CA 91125
> >>
> >> e: dmorris@caltech.edu
> >> o: 626.395.3056
> >>
> >
> 


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