iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display
  • Date: Sat, 16 Jan 2010 11:48:16 -0700
"jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> > looks as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further
> > there are no `holes' in the data (i.e. no combination of those
> > three indices which is not represented).  If this is true, you've
> > got regular, gridded data, which is exactly what we need for
> > ImageVis3D.
>
> OK.
>
> However, when asked, ImageVis3D appears to import the file.  It
> just asks for the extent (number of points?) in each direction,
> i.e. 16,8,9.

Yeah, you're getting the raw conversion dialog, which (if you say
`yes') comes up when we can't figure out any metadata that would help
us read the file.

Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit data
layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking through
the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the text
path is relatively untested.

Worse, detecting errors at that stage is essentially impossible,
because we don't know anything about the file.  So, ImageVis3D will
happily do whatever conversion you've asked for, without regard to
whether that conversion makes any sense.

> Is this imported volumetric image I observe meaningful?

I would doubt it is meaningful, because I don't think the conversion
step did something intelligent.  Then again, you know your data better
than I do :). Do the generated images "look" like your data?


As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
resolution for visualization reasons, and you can obtain higher res,
do so.  People don't tend to believe me until they've done it a couple
times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to IV3D.

> Is the grey scale presented in the image controlled by the number of
> bytes allowed by the graphics card?

You're seeing grey because the default renderer is based on 1D transfer
functions, and the default 1D transfer function is a ramp for all 4
color channels.  You can modify the current function with the "1D
Transferfunction editor", accessible from the Workspace menu.  More
details are in the manual.

> What would happen if I changed the file so that the intensity for
> points outside the current data ranges, that is for points [1:16],
> [1,10:16] [1:6,16], are zero?

I'm not sure I follow that syntax correctly, but it sounds like you
want to add more points to your domain, outside the original domain,
initialized to 0?  With the default parameters, the only thing that
will happen is that your domain size will increase.  This is because
the default transfer functions are set to remove / not visualize
0-valued data.  You could change this in the 1D TF editor by making the
leftmost components non-zero.

> > If there's anybody in your group who can code, have them follow up
> > on tuvok-developers [1].
>
> Code in what language?

C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really if
you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is willing
to google some terms, that will be enough that we could walk them
through what's needed.

> Also, is the amount of video memory just that which is on the (in
> my case) embedded controller or does it include the TOTAL Available
> Graphics Memory = Dedicated Video Memory + Share System Memory?

To be honest, we ignore the graphics memory setting for now, due to
limitations of the rendering API.  Someday in the distant future I hope
that will be fixable, at which point the "GPU Memory" slider would want
to know just your "Dedicated Video Memory".

> Thanks for your help.  I hate to be such a nag but the software has
> such a huge upside for the work I am doing that could help many
> people.

Not a nag at all.  We love to get more people using our software! =)

Cheers,

-tom

> -----Original Message-----
> From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu] ;
> Sent: Saturday, January 16, 2010 3:41 AM
> To: iv3d-users@sci.utah.edu
> Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display 
> 
> "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > The file is attached.  It is ASCII and would meet (I believe) your
> > definition as point clouds.  Please note: cloud is in the plural.
> 
> >From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It looks
> as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further there
> are no `holes' in the data (i.e. no combination of those three indices
> which is not represented).  If this is true, you've got regular,
> gridded data, which is exactly what we need for ImageVis3D.
> 
> If there's anybody in your group who can code, have them follow up on
> tuvok-developers [1].  Otherwise I'll add an ASCII reader to my todo
> list...
> 
> -tom
> 
> [1] https://lists.sci.utah.edu/sympa/subscribe/tuvok-developers
> 
> > -----Original Message-----
> > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu] ;
> > Sent: Friday, January 15, 2010 6:38 PM
> > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display 
> > 
> > <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > My dataset consists of one file with many single lines of data, each
> > > of which contains the X, Y, Z, and Intensity measured at that X,Y,Z
> > > point in space.  What is the best way to feed this into ImageVis3D?
> > 
> > We'll need a bit more info on this format.  Is there any structure to
> > these points, or do they essentially form a `point cloud'?  Secondly,
> > are these ASCII or binary files?
> > 
> > > Also, I need to be able to display X, Y, and Z axes with user
> > > configurable scaling and tic mark number, value and location on each
> > > axis.
> > 
> > There's currently no support for this in ImageVis3D, though the request
> > has been brought up before.
> > 
> > > I can provide a sample input file if you will tell me how to get it
> > > to you.
> > 
> > If you've got a very small example (kilobytes), sending it to this
> > mailing list is the best mechanism.
> > 
> > If it's anything larger, use ImageVis3D's builtin "Report an Issue"
> > dialog, under the help menu.  Add a description describe the file
> > format, and use the "Add files" button to add one or more example
> > files.
> > 
> > -tom
> 

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page