iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
  • Date: Sat, 16 Jan 2010 15:40:28 -0700
"jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit
> > data layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and
> > in Z quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking
> > through the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary
> > that the text path is relatively untested.

Side note: we actually do parse text using the right kind of IO
routines, I just didn't notice the code before my earlier mail.

> Yeah.  I tried the "text" option and my computer hung.

Hrm.  It loaded up fine on my workstation...

Could you use the report an issue dialog && create a bug report for
this, so I don't forget about it?

> > I would doubt it is meaningful, because I don't think the
> > conversion step did something intelligent.  Then again, you know
> > your data better than I do :). Do the generated images "look" like
> > your data?
>
> Hard to tell if I cannot determine their x,y,z spatial location.
> Maybe I'll try slicing the data and see if the contoured intensity
> for each slice corresponds to the volumetric information presented.

Now that I've found what code reads this, I can see it's not
understanding the data correctly.  Nonetheless I've attached an image.

> > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really
> > if you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is
> > willing to google some terms, that will be enough that we could
> > walk them through what's needed.
>
> ARGH! You've hit the chink in my armor.  However, I can try to
> struggle through it (I have 30 years of FORTRAN experience but am
> just starting to learn C++).  What's the best existing reader to use
> as a starting template?

I get this/similar questions a lot.  I *finally* wrote up some
documentation for it; a PDF is attached.

-tom

> > -----Original Message-----
> > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > Sent: Saturday, January 16, 2010 1:48 PM
> > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis
> > Display
> > 
> > "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> > > > looks as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further
> > > > there are no `holes' in the data (i.e. no combination of those
> > > > three indices which is not represented).  If this is true, you've
> > > > got regular, gridded data, which is exactly what we need for
> > > > ImageVis3D.
> > >
> > > OK.
> > >
> > > However, when asked, ImageVis3D appears to import the file.  It
> > > just asks for the extent (number of points?) in each direction,
> > > i.e. 16,8,9.
> > 
> > Yeah, you're getting the raw conversion dialog, which (if you say
> > `yes') comes up when we can't figure out any metadata that would help
> > us read the file.
> > 
> > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit data
> > layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
> > quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking through
> > the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the text
> > path is relatively untested.
> > 
> > Worse, detecting errors at that stage is essentially impossible,
> > because we don't know anything about the file.  So, ImageVis3D will
> > happily do whatever conversion you've asked for, without regard to
> > whether that conversion makes any sense.
> > 
> > > Is this imported volumetric image I observe meaningful?
> > 
> > I would doubt it is meaningful, because I don't think the conversion
> > step did something intelligent.  Then again, you know your data better
> > than I do :). Do the generated images "look" like your data?
> > 
> > 
> > As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
> > resolution for visualization reasons, and you can obtain higher res,
> > do so.  People don't tend to believe me until they've done it a couple
> > times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to IV3D.
> > 
> > > Is the grey scale presented in the image controlled by the number of
> > > bytes allowed by the graphics card?
> > 
> > You're seeing grey because the default renderer is based on 1D transfer
> > functions, and the default 1D transfer function is a ramp for all 4
> > color channels.  You can modify the current function with the "1D
> > Transferfunction editor", accessible from the Workspace menu.  More
> > details are in the manual.
> > 
> > > What would happen if I changed the file so that the intensity for
> > > points outside the current data ranges, that is for points [1:16],
> > > [1,10:16] [1:6,16], are zero?
> > 
> > I'm not sure I follow that syntax correctly, but it sounds like you
> > want to add more points to your domain, outside the original domain,
> > initialized to 0?  With the default parameters, the only thing that
> > will happen is that your domain size will increase.  This is because
> > the default transfer functions are set to remove / not visualize
> > 0-valued data.  You could change this in the 1D TF editor by making the
> > leftmost components non-zero.
> > 
> > > > If there's anybody in your group who can code, have them follow up
> > > > on tuvok-developers [1].
> > >
> > > Code in what language?
> > 
> > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really if
> > you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is willing
> > to google some terms, that will be enough that we could walk them
> > through what's needed.
> > 
> > > Also, is the amount of video memory just that which is on the (in
> > > my case) embedded controller or does it include the TOTAL Available
> > > Graphics Memory = Dedicated Video Memory + Share System Memory?
> > 
> > To be honest, we ignore the graphics memory setting for now, due to
> > limitations of the rendering API.  Someday in the distant future I hope
> > that will be fixable, at which point the "GPU Memory" slider would want
> > to know just your "Dedicated Video Memory".
> > 
> > > Thanks for your help.  I hate to be such a nag but the software has
> > > such a huge upside for the work I am doing that could help many
> > > people.
> > 
> > Not a nag at all.  We love to get more people using our software! =)
> > 
> > Cheers,
> > 
> > -tom
> > 
> > > -----Original Message-----
> > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > Sent: Saturday, January 16, 2010 3:41 AM
> > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display
> > >
> > > "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > The file is attached.  It is ASCII and would meet (I believe) your
> > > > definition as point clouds.  Please note: cloud is in the plural.
> > >
> > > >From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It looks
> > > as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further there
> > > are no `holes' in the data (i.e. no combination of those three indices
> > > which is not represented).  If this is true, you've got regular,
> > > gridded data, which is exactly what we need for ImageVis3D.
> > >
> > > If there's anybody in your group who can code, have them follow up on
> > > tuvok-developers [1].  Otherwise I'll add an ASCII reader to my todo
> > > list...
> > >
> > > -tom
> > >
> > > [1] https://lists.sci.utah.edu/sympa/subscribe/tuvok-developers
> > >
> > > > -----Original Message-----
> > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > Sent: Friday, January 15, 2010 6:38 PM
> > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > > >
> > > > <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > My dataset consists of one file with many single lines of data, each
> > > > > of which contains the X, Y, Z, and Intensity measured at that X,Y,Z
> > > > > point in space.  What is the best way to feed this into ImageVis3D?
> > > >
> > > > We'll need a bit more info on this format.  Is there any structure to
> > > > these points, or do they essentially form a `point cloud'?  Secondly,
> > > > are these ASCII or binary files?
> > > >
> > > > > Also, I need to be able to display X, Y, and Z axes with user
> > > > > configurable scaling and tic mark number, value and location on each
> > > > > axis.
> > > >
> > > > There's currently no support for this in ImageVis3D, though the
> > request
> > > > has been brought up before.
> > > >
> > > > > I can provide a sample input file if you will tell me how to get it
> > > > > to you.
> > > >
> > > > If you've got a very small example (kilobytes), sending it to this
> > > > mailing list is the best mechanism.
> > > >
> > > > If it's anything larger, use ImageVis3D's builtin "Report an Issue"
> > > > dialog, under the help menu.  Add a description describe the file
> > > > format, and use the "Add files" button to add one or more example
> > > > files.
> > > >
> > > > -tom

Attachment: pngZNW_RF3wbL.png
Description: kress.png

Attachment: pdfrRFG_OSTTH.pdf
Description: add-converter.pdf


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page