iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
  • Date: Tue, 19 Jan 2010 12:41:09 -0700
"Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> Tom,
>
> What file extension did you use to enable the text reader?

What you sent it as -- a .txt.

I did have to change "Files of type" to "All Files", because otherwise
ImaegVis3D's file selection dialog would filter it out, thinking it was
something that could be opened.

> Did you make any changes to the input file?

Nope.


After selecting that file and then a UVF to save to, you should get a
dialog where IV3D complains it cannot recognize the file, and it should
ask if you want to specify the data set parameters manually.  That is,
page 13 and 14 of the manual.  Is that not popping up for you?  Please
"Report an Issue" and send me (personally) a ping if so.

-tom

> > -----Original Message-----
> > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > Sent: Saturday, January 16, 2010 5:40 PM
> > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > 
> > "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit
> > > > data layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and
> > > > in Z quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking
> > > > through the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary
> > > > that the text path is relatively untested.
> > 
> > Side note: we actually do parse text using the right kind of IO
> > routines, I just didn't notice the code before my earlier mail.
> > 
> > > Yeah.  I tried the "text" option and my computer hung.
> > 
> > Hrm.  It loaded up fine on my workstation...
> > 
> > Could you use the report an issue dialog && create a bug report for
> > this, so I don't forget about it?
> > 
> > > > I would doubt it is meaningful, because I don't think the
> > > > conversion step did something intelligent.  Then again, you know
> > > > your data better than I do :). Do the generated images "look" like
> > > > your data?
> > >
> > > Hard to tell if I cannot determine their x,y,z spatial location.
> > > Maybe I'll try slicing the data and see if the contoured intensity
> > > for each slice corresponds to the volumetric information presented.
> > 
> > Now that I've found what code reads this, I can see it's not
> > understanding the data correctly.  Nonetheless I've attached an image.
> > 
> > > > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really
> > > > if you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is
> > > > willing to google some terms, that will be enough that we could
> > > > walk them through what's needed.
> > >
> > > ARGH! You've hit the chink in my armor.  However, I can try to
> > > struggle through it (I have 30 years of FORTRAN experience but am
> > > just starting to learn C++).  What's the best existing reader to use
> > > as a starting template?
> > 
> > I get this/similar questions a lot.  I *finally* wrote up some
> > documentation for it; a PDF is attached.
> > 
> > -tom
> > 
> > > > -----Original Message-----
> > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > Sent: Saturday, January 16, 2010 1:48 PM
> > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis
> > > > Display
> > > >
> > > > "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> > > > > > looks as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and
> further
> > > > > > there are no `holes' in the data (i.e. no combination of those
> > > > > > three indices which is not represented).  If this is true, you've
> > > > > > got regular, gridded data, which is exactly what we need for
> > > > > > ImageVis3D.
> > > > >
> > > > > OK.
> > > > >
> > > > > However, when asked, ImageVis3D appears to import the file.  It
> > > > > just asks for the extent (number of points?) in each direction,
> > > > > i.e. 16,8,9.
> > > >
> > > > Yeah, you're getting the raw conversion dialog, which (if you say
> > > > `yes') comes up when we can't figure out any metadata that would help
> > > > us read the file.
> > > >
> > > > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit
> data
> > > > layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
> > > > quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking through
> > > > the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the text
> > > > path is relatively untested.
> > > >
> > > > Worse, detecting errors at that stage is essentially impossible,
> > > > because we don't know anything about the file.  So, ImageVis3D will
> > > > happily do whatever conversion you've asked for, without regard to
> > > > whether that conversion makes any sense.
> > > >
> > > > > Is this imported volumetric image I observe meaningful?
> > > >
> > > > I would doubt it is meaningful, because I don't think the conversion
> > > > step did something intelligent.  Then again, you know your data better
> > > > than I do :). Do the generated images "look" like your data?
> > > >
> > > >
> > > > As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
> > > > resolution for visualization reasons, and you can obtain higher res,
> > > > do so.  People don't tend to believe me until they've done it a couple
> > > > times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to IV3D.
> > > >
> > > > > Is the grey scale presented in the image controlled by the number of
> > > > > bytes allowed by the graphics card?
> > > >
> > > > You're seeing grey because the default renderer is based on 1D
> transfer
> > > > functions, and the default 1D transfer function is a ramp for all 4
> > > > color channels.  You can modify the current function with the "1D
> > > > Transferfunction editor", accessible from the Workspace menu.  More
> > > > details are in the manual.
> > > >
> > > > > What would happen if I changed the file so that the intensity for
> > > > > points outside the current data ranges, that is for points [1:16],
> > > > > [1,10:16] [1:6,16], are zero?
> > > >
> > > > I'm not sure I follow that syntax correctly, but it sounds like you
> > > > want to add more points to your domain, outside the original domain,
> > > > initialized to 0?  With the default parameters, the only thing that
> > > > will happen is that your domain size will increase.  This is because
> > > > the default transfer functions are set to remove / not visualize
> > > > 0-valued data.  You could change this in the 1D TF editor by making
> the
> > > > leftmost components non-zero.
> > > >
> > > > > > If there's anybody in your group who can code, have them follow up
> > > > > > on tuvok-developers [1].
> > > > >
> > > > > Code in what language?
> > > >
> > > > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really if
> > > > you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is willing
> > > > to google some terms, that will be enough that we could walk them
> > > > through what's needed.
> > > >
> > > > > Also, is the amount of video memory just that which is on the (in
> > > > > my case) embedded controller or does it include the TOTAL Available
> > > > > Graphics Memory = Dedicated Video Memory + Share System Memory?
> > > >
> > > > To be honest, we ignore the graphics memory setting for now, due to
> > > > limitations of the rendering API.  Someday in the distant future I
> hope
> > > > that will be fixable, at which point the "GPU Memory" slider would
> want
> > > > to know just your "Dedicated Video Memory".
> > > >
> > > > > Thanks for your help.  I hate to be such a nag but the software has
> > > > > such a huge upside for the work I am doing that could help many
> > > > > people.
> > > >
> > > > Not a nag at all.  We love to get more people using our software! =)
> > > >
> > > > Cheers,
> > > >
> > > > -tom
> > > >
> > > > > -----Original Message-----
> > > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > > Sent: Saturday, January 16, 2010 3:41 AM
> > > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: Help on data input and Axis
> Display
> > > > >
> > > > > "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > The file is attached.  It is ASCII and would meet (I believe) your
> > > > > > definition as point clouds.  Please note: cloud is in the plural.
> > > > >
> > > > > >From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> looks
> > > > > as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further there
> > > > > are no `holes' in the data (i.e. no combination of those three
> indices
> > > > > which is not represented).  If this is true, you've got regular,
> > > > > gridded data, which is exactly what we need for ImageVis3D.
> > > > >
> > > > > If there's anybody in your group who can code, have them follow up
> on
> > > > > tuvok-developers [1].  Otherwise I'll add an ASCII reader to my todo
> > > > > list...
> > > > >
> > > > > -tom
> > > > >
> > > > > [1] https://lists.sci.utah.edu/sympa/subscribe/tuvok-developers
> > > > >
> > > > > > -----Original Message-----
> > > > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > > > Sent: Friday, January 15, 2010 6:38 PM
> > > > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > > > > >
> > > > > > <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > > My dataset consists of one file with many single lines of data,
> each
> > > > > > > of which contains the X, Y, Z, and Intensity measured at that
> X,Y,Z
> > > > > > > point in space.  What is the best way to feed this into
> ImageVis3D?
> > > > > >
> > > > > > We'll need a bit more info on this format.  Is there any structure
> to
> > > > > > these points, or do they essentially form a `point cloud'?
> Secondly,
> > > > > > are these ASCII or binary files?
> > > > > >
> > > > > > > Also, I need to be able to display X, Y, and Z axes with user
> > > > > > > configurable scaling and tic mark number, value and location on
> each
> > > > > > > axis.
> > > > > >
> > > > > > There's currently no support for this in ImageVis3D, though the
> > > > request
> > > > > > has been brought up before.
> > > > > >
> > > > > > > I can provide a sample input file if you will tell me how to get
> it
> > > > > > > to you.
> > > > > >
> > > > > > If you've got a very small example (kilobytes), sending it to this
> > > > > > mailing list is the best mechanism.
> > > > > >
> > > > > > If it's anything larger, use ImageVis3D's builtin "Report an
> Issue"
> > > > > > dialog, under the help menu.  Add a description describe the file
> > > > > > format, and use the "Add files" button to add one or more example
> > > > > > files.
> > > > > >
> > > > > > -tom
> 
> 

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page