iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] RE: Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display


Chronological Thread 
  • From: "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org>
  • To: <iv3d-users@sci.utah.edu>
  • Subject: [IV3D-USERS] RE: Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display
  • Date: Sat, 16 Jan 2010 15:10:54 -0500
> Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit data
> layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
> quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking through
> the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the text
> path is relatively untested.

Yeah.  I tried the "text" option and my computer hung.

> I would doubt it is meaningful, because I don't think the conversion
> step did something intelligent.  Then again, you know your data better
> than I do :). Do the generated images "look" like your data?

Hard to tell if I cannot determine their x,y,z spatial location.  Maybe I'll
try slicing the data and see if the contoured intensity for each slice
corresponds to the volumetric information presented.

> As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
> resolution for visualization reasons, and you can obtain higher res,
> do so.  People don't tend to believe me until they've done it a couple
> times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to IV3D.

I agree but it's the best we can do with the experimental equipment and the
chemistry involved.

> C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really if
> you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is willing
> to google some terms, that will be enough that we could walk them
> through what's needed.

ARGH! You've hit the chink in my armor.  However, I can try to struggle
through it (I have 30 years of FORTRAN experience but am just starting to
learn C++).  What's the best existing reader to use as a starting template?

Jim

> -----Original Message-----
> From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> Sent: Saturday, January 16, 2010 1:48 PM
> To: iv3d-users@sci.utah.edu
> Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and Axis
> Display
> 
> "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> > > looks as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further
> > > there are no `holes' in the data (i.e. no combination of those
> > > three indices which is not represented).  If this is true, you've
> > > got regular, gridded data, which is exactly what we need for
> > > ImageVis3D.
> >
> > OK.
> >
> > However, when asked, ImageVis3D appears to import the file.  It
> > just asks for the extent (number of points?) in each direction,
> > i.e. 16,8,9.
> 
> Yeah, you're getting the raw conversion dialog, which (if you say
> `yes') comes up when we can't figure out any metadata that would help
> us read the file.
> 
> Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit data
> layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
> quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking through
> the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the text
> path is relatively untested.
> 
> Worse, detecting errors at that stage is essentially impossible,
> because we don't know anything about the file.  So, ImageVis3D will
> happily do whatever conversion you've asked for, without regard to
> whether that conversion makes any sense.
> 
> > Is this imported volumetric image I observe meaningful?
> 
> I would doubt it is meaningful, because I don't think the conversion
> step did something intelligent.  Then again, you know your data better
> than I do :). Do the generated images "look" like your data?
> 
> 
> As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
> resolution for visualization reasons, and you can obtain higher res,
> do so.  People don't tend to believe me until they've done it a couple
> times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to IV3D.
> 
> > Is the grey scale presented in the image controlled by the number of
> > bytes allowed by the graphics card?
> 
> You're seeing grey because the default renderer is based on 1D transfer
> functions, and the default 1D transfer function is a ramp for all 4
> color channels.  You can modify the current function with the "1D
> Transferfunction editor", accessible from the Workspace menu.  More
> details are in the manual.
> 
> > What would happen if I changed the file so that the intensity for
> > points outside the current data ranges, that is for points [1:16],
> > [1,10:16] [1:6,16], are zero?
> 
> I'm not sure I follow that syntax correctly, but it sounds like you
> want to add more points to your domain, outside the original domain,
> initialized to 0?  With the default parameters, the only thing that
> will happen is that your domain size will increase.  This is because
> the default transfer functions are set to remove / not visualize
> 0-valued data.  You could change this in the 1D TF editor by making the
> leftmost components non-zero.
> 
> > > If there's anybody in your group who can code, have them follow up
> > > on tuvok-developers [1].
> >
> > Code in what language?
> 
> C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really if
> you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is willing
> to google some terms, that will be enough that we could walk them
> through what's needed.
> 
> > Also, is the amount of video memory just that which is on the (in
> > my case) embedded controller or does it include the TOTAL Available
> > Graphics Memory = Dedicated Video Memory + Share System Memory?
> 
> To be honest, we ignore the graphics memory setting for now, due to
> limitations of the rendering API.  Someday in the distant future I hope
> that will be fixable, at which point the "GPU Memory" slider would want
> to know just your "Dedicated Video Memory".
> 
> > Thanks for your help.  I hate to be such a nag but the software has
> > such a huge upside for the work I am doing that could help many
> > people.
> 
> Not a nag at all.  We love to get more people using our software! =)
> 
> Cheers,
> 
> -tom
> 
> > -----Original Message-----
> > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > Sent: Saturday, January 16, 2010 3:41 AM
> > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: Help on data input and Axis Display
> >
> > "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > The file is attached.  It is ASCII and would meet (I believe) your
> > > definition as point clouds.  Please note: cloud is in the plural.
> >
> > >From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It looks
> > as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further there
> > are no `holes' in the data (i.e. no combination of those three indices
> > which is not represented).  If this is true, you've got regular,
> > gridded data, which is exactly what we need for ImageVis3D.
> >
> > If there's anybody in your group who can code, have them follow up on
> > tuvok-developers [1].  Otherwise I'll add an ASCII reader to my todo
> > list...
> >
> > -tom
> >
> > [1] https://lists.sci.utah.edu/sympa/subscribe/tuvok-developers
> >
> > > -----Original Message-----
> > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > Sent: Friday, January 15, 2010 6:38 PM
> > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > >
> > > <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > My dataset consists of one file with many single lines of data, each
> > > > of which contains the X, Y, Z, and Intensity measured at that X,Y,Z
> > > > point in space.  What is the best way to feed this into ImageVis3D?
> > >
> > > We'll need a bit more info on this format.  Is there any structure to
> > > these points, or do they essentially form a `point cloud'?  Secondly,
> > > are these ASCII or binary files?
> > >
> > > > Also, I need to be able to display X, Y, and Z axes with user
> > > > configurable scaling and tic mark number, value and location on each
> > > > axis.
> > >
> > > There's currently no support for this in ImageVis3D, though the
> request
> > > has been brought up before.
> > >
> > > > I can provide a sample input file if you will tell me how to get it
> > > > to you.
> > >
> > > If you've got a very small example (kilobytes), sending it to this
> > > mailing list is the best mechanism.
> > >
> > > If it's anything larger, use ImageVis3D's builtin "Report an Issue"
> > > dialog, under the help menu.  Add a description describe the file
> > > format, and use the "Add files" button to add one or more example
> > > files.
> > >
> > > -tom
> >


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page