iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] RE: Re: Help on data input and Axis Display


Chronological Thread 
  • From: "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org>
  • To: <iv3d-users@sci.utah.edu>
  • Subject: [IV3D-USERS] RE: Re: Help on data input and Axis Display
  • Date: Tue, 19 Jan 2010 15:36:53 -0500
> After selecting that file and then a UVF to save to, you should get a
> dialog where IV3D complains it cannot recognize the file, and it should
> ask if you want to specify the data set parameters manually.  That is,
> page 13 and 14 of the manual.  Is that not popping up for you?  Please
> "Report an Issue" and send me (personally) a ping if so.

Using the data set I sent you previously, and following the process shown in
the attached file ImageVis3D crashes as the last image shows.

What did I do wrong in image 2?

Jim

> -----Original Message-----
> From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> Sent: Tuesday, January 19, 2010 2:41 PM
> To: iv3d-users@sci.utah.edu
> Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> 
> "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > Tom,
> >
> > What file extension did you use to enable the text reader?
> 
> What you sent it as -- a .txt.
> 
> I did have to change "Files of type" to "All Files", because otherwise
> ImaegVis3D's file selection dialog would filter it out, thinking it was
> something that could be opened.
> 
> > Did you make any changes to the input file?
> 
> Nope.
> 
> 
> After selecting that file and then a UVF to save to, you should get a
> dialog where IV3D complains it cannot recognize the file, and it should
> ask if you want to specify the data set parameters manually.  That is,
> page 13 and 14 of the manual.  Is that not popping up for you?  Please
> "Report an Issue" and send me (personally) a ping if so.
> 
> -tom
> 
> > > -----Original Message-----
> > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > Sent: Saturday, January 16, 2010 5:40 PM
> > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > >
> > > "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit
> > > > > data layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and
> > > > > in Z quickly.  There's a radio button for "text" input, but
looking
> > > > > through the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary
> > > > > that the text path is relatively untested.
> > >
> > > Side note: we actually do parse text using the right kind of IO
> > > routines, I just didn't notice the code before my earlier mail.
> > >
> > > > Yeah.  I tried the "text" option and my computer hung.
> > >
> > > Hrm.  It loaded up fine on my workstation...
> > >
> > > Could you use the report an issue dialog && create a bug report for
> > > this, so I don't forget about it?
> > >
> > > > > I would doubt it is meaningful, because I don't think the
> > > > > conversion step did something intelligent.  Then again, you know
> > > > > your data better than I do :). Do the generated images "look" like
> > > > > your data?
> > > >
> > > > Hard to tell if I cannot determine their x,y,z spatial location.
> > > > Maybe I'll try slicing the data and see if the contoured intensity
> > > > for each slice corresponds to the volumetric information presented.
> > >
> > > Now that I've found what code reads this, I can see it's not
> > > understanding the data correctly.  Nonetheless I've attached an image.
> > >
> > > > > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really
> > > > > if you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is
> > > > > willing to google some terms, that will be enough that we could
> > > > > walk them through what's needed.
> > > >
> > > > ARGH! You've hit the chink in my armor.  However, I can try to
> > > > struggle through it (I have 30 years of FORTRAN experience but am
> > > > just starting to learn C++).  What's the best existing reader to use
> > > > as a starting template?
> > >
> > > I get this/similar questions a lot.  I *finally* wrote up some
> > > documentation for it; a PDF is attached.
> > >
> > > -tom
> > >
> > > > > -----Original Message-----
> > > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > > Sent: Saturday, January 16, 2010 1:48 PM
> > > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: Help on data input and
Axis
> > > > > Display
> > > > >
> > > > > "jimkress_58" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > > From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.
It
> > > > > > > looks as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and
> > further
> > > > > > > there are no `holes' in the data (i.e. no combination of those
> > > > > > > three indices which is not represented).  If this is true,
you've
> > > > > > > got regular, gridded data, which is exactly what we need for
> > > > > > > ImageVis3D.
> > > > > >
> > > > > > OK.
> > > > > >
> > > > > > However, when asked, ImageVis3D appears to import the file.  It
> > > > > > just asks for the extent (number of points?) in each direction,
> > > > > > i.e. 16,8,9.
> > > > >
> > > > > Yeah, you're getting the raw conversion dialog, which (if you say
> > > > > `yes') comes up when we can't figure out any metadata that would
help
> > > > > us read the file.
> > > > >
> > > > > Unfortunately the raw reader is generally based around an implicit
> > data
> > > > > layout, i.e. data start at (0,0,0) and change in X slowly and in Z
> > > > > quickly.  There's a radio button for "text" input, but looking
through
> > > > > the code, all our IO is unformatted so I'm a little wary that the
text
> > > > > path is relatively untested.
> > > > >
> > > > > Worse, detecting errors at that stage is essentially impossible,
> > > > > because we don't know anything about the file.  So, ImageVis3D
will
> > > > > happily do whatever conversion you've asked for, without regard to
> > > > > whether that conversion makes any sense.
> > > > >
> > > > > > Is this imported volumetric image I observe meaningful?
> > > > >
> > > > > I would doubt it is meaningful, because I don't think the
conversion
> > > > > step did something intelligent.  Then again, you know your data
better
> > > > > than I do :). Do the generated images "look" like your data?
> > > > >
> > > > >
> > > > > As a side note, these data are pretty low res.  If they're low
> > > > > resolution for visualization reasons, and you can obtain higher
res,
> > > > > do so.  People don't tend to believe me until they've done it a
couple
> > > > > times, but (seriously!) the size of the data is irrelevant to
IV3D.
> > > > >
> > > > > > Is the grey scale presented in the image controlled by the
number of
> > > > > > bytes allowed by the graphics card?
> > > > >
> > > > > You're seeing grey because the default renderer is based on 1D
> > transfer
> > > > > functions, and the default 1D transfer function is a ramp for all
4
> > > > > color channels.  You can modify the current function with the "1D
> > > > > Transferfunction editor", accessible from the Workspace menu.
More
> > > > > details are in the manual.
> > > > >
> > > > > > What would happen if I changed the file so that the intensity
for
> > > > > > points outside the current data ranges, that is for points
[1:16],
> > > > > > [1,10:16] [1:6,16], are zero?
> > > > >
> > > > > I'm not sure I follow that syntax correctly, but it sounds like
you
> > > > > want to add more points to your domain, outside the original
domain,
> > > > > initialized to 0?  With the default parameters, the only thing
that
> > > > > will happen is that your domain size will increase.  This is
because
> > > > > the default transfer functions are set to remove / not visualize
> > > > > 0-valued data.  You could change this in the 1D TF editor by
making
> > the
> > > > > leftmost components non-zero.
> > > > >
> > > > > > > If there's anybody in your group who can code, have them
follow up
> > > > > > > on tuvok-developers [1].
> > > > > >
> > > > > > Code in what language?
> > > > >
> > > > > C++.  Adding a new reader is pretty easy/self-contained, so really
if
> > > > > you've got someone that knows any ALGOL-derived language && is
willing
> > > > > to google some terms, that will be enough that we could walk them
> > > > > through what's needed.
> > > > >
> > > > > > Also, is the amount of video memory just that which is on the
(in
> > > > > > my case) embedded controller or does it include the TOTAL
Available
> > > > > > Graphics Memory = Dedicated Video Memory + Share System Memory?
> > > > >
> > > > > To be honest, we ignore the graphics memory setting for now, due
to
> > > > > limitations of the rendering API.  Someday in the distant future I
> > hope
> > > > > that will be fixable, at which point the "GPU Memory" slider would
> > want
> > > > > to know just your "Dedicated Video Memory".
> > > > >
> > > > > > Thanks for your help.  I hate to be such a nag but the software
has
> > > > > > such a huge upside for the work I am doing that could help many
> > > > > > people.
> > > > >
> > > > > Not a nag at all.  We love to get more people using our software!
=)
> > > > >
> > > > > Cheers,
> > > > >
> > > > > -tom
> > > > >
> > > > > > -----Original Message-----
> > > > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > > > Sent: Saturday, January 16, 2010 3:41 AM
> > > > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: Help on data input and Axis
> > Display
> > > > > >
> > > > > > "Jim Kress" <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > > The file is attached.  It is ASCII and would meet (I believe)
your
> > > > > > > definition as point clouds.  Please note: cloud is in the
plural.
> > > > > >
> > > > > > >From a (very) quick read, I'd say this isn't a point cloud.  It
> > looks
> > > > > > as if your data's ranges are [1:16],[2:9],[7:15], and further
there
> > > > > > are no `holes' in the data (i.e. no combination of those three
> > indices
> > > > > > which is not represented).  If this is true, you've got regular,
> > > > > > gridded data, which is exactly what we need for ImageVis3D.
> > > > > >
> > > > > > If there's anybody in your group who can code, have them follow
up
> > on
> > > > > > tuvok-developers [1].  Otherwise I'll add an ASCII reader to my
todo
> > > > > > list...
> > > > > >
> > > > > > -tom
> > > > > >
> > > > > > [1] https://lists.sci.utah.edu/sympa/subscribe/tuvok-developers
> > > > > >
> > > > > > > -----Original Message-----
> > > > > > > From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu]
> > > > > > > Sent: Friday, January 15, 2010 6:38 PM
> > > > > > > To: iv3d-users@sci.utah.edu
> > > > > > > Subject: [IV3D-USERS] Re: Help on data input and Axis Display
> > > > > > >
> > > > > > > <jimkress_58@kressworks.org> writes:
> > > > > > > > My dataset consists of one file with many single lines of
data,
> > each
> > > > > > > > of which contains the X, Y, Z, and Intensity measured at
that
> > X,Y,Z
> > > > > > > > point in space.  What is the best way to feed this into
> > ImageVis3D?
> > > > > > >
> > > > > > > We'll need a bit more info on this format.  Is there any
structure
> > to
> > > > > > > these points, or do they essentially form a `point cloud'?
> > Secondly,
> > > > > > > are these ASCII or binary files?
> > > > > > >
> > > > > > > > Also, I need to be able to display X, Y, and Z axes with
user
> > > > > > > > configurable scaling and tic mark number, value and location
on
> > each
> > > > > > > > axis.
> > > > > > >
> > > > > > > There's currently no support for this in ImageVis3D, though
the
> > > > > request
> > > > > > > has been brought up before.
> > > > > > >
> > > > > > > > I can provide a sample input file if you will tell me how to
get
> > it
> > > > > > > > to you.
> > > > > > >
> > > > > > > If you've got a very small example (kilobytes), sending it to
this
> > > > > > > mailing list is the best mechanism.
> > > > > > >
> > > > > > > If it's anything larger, use ImageVis3D's builtin "Report an
> > Issue"
> > > > > > > dialog, under the help menu.  Add a description describe the
file
> > > > > > > format, and use the "Add files" button to add one or more
example
> > > > > > > files.
> > > > > > >
> > > > > > > -tom
> >
> >

Attachment: ImageVis3d_screens.rtf
Description: MS-Word document


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page