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[IV3D-USERS] Re: Re: NRRD import


Chronological Thread 
  • From: Tim Holy <holy@wustl.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: NRRD import
  • Date: Thu, 21 Jan 2010 11:14:51 -0600
On Thursday 21 January 2010 10:45:13 am Jens Krueger wrote:
> Hi Tim,
> 
> Currently dat/raw pairs (Qvis) are the only supported way of getting RGBA
>  into imagevis3d. If you can write your data into nrrd, you can also easily
>  create QVis files.

Ah. I was temporarily confused by the fact that most of the google hits for 
QVis concern "an enterprise system for visualizing your business processes":
http://www.solutions4jde.com/qvis_pro.htm
I thought that perhaps the business world was getting into rotating 3d 
flowcharts! :-) I didn't relish the notion of taking tissue images and 
mangling 
them into something that wasn't really designed for the purpose.

But now I think this must be the answer:
http://openqvis.sourceforge.net/

However, the documentation of the format on this page
http://openqvis.sourceforge.net/docu/fileformat.html
seems not to specify anything about the order of color values in the file. 
Should it be all 4 RGBA values for the first pixel, then all 4 for the second 
pixel, etc? Or should it be the red channel for the whole volume, followed by 
the green channel for the whole volume, etc?

Thanks,
--Tim

> 
> Cheers
>      Jens
> 
> Am 21.01.2010 um 17:40 schrieb Tim Holy:
> > Hi again,
> >
> > In experimenting further with NRRD import, it also appears that the NRRD
> > importer does not make use of the "space directions" tag. Consequently,
> > the user has to manually enter the spacing along each coordinate axis.
> > There are a number of other NRRD0004 features that could also be of
> > potential interest.
> >
> > If I'm not barking up the wrong tree in terms of choosing NRRD as a data
> > interchange format (i.e., with respect to my previous post re RGBA
> > support), there's a chance I can help with simple bugfixes/extensions
> > (obviously, in consultation with those who have developed iv3d in the
> > first place!).
> >
> > Best,
> > --Tim
> 

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