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[IV3D-USERS] Re: Re: NRRD import


Chronological Thread 
  • From: Tim Holy <holy@wustl.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: NRRD import
  • Date: Fri, 22 Jan 2010 12:26:36 -0600
Hi Tom,

On Thursday 21 January 2010 07:36:38 pm tom fogal wrote:
> This was a fun one.  A confluence of unfortunate circumstances caused
> this to show up a while ago yet not get noticed -- thanks for bringing
> it to our attention!
> 
> Anyway, I've fixed it in the source && kicked our build systems.  Could
> you try the latest devbuild?  They're available here:
> 
>   http://www.sci.utah.edu/devbuilds/imagevis3d/

Sorry for the delay in getting back to you---I needed to try numerous 
permutations of installation and testing (see below), and that took me some 
time.

So, the crashing bug is fixed and it writes a UVF file now. Yay! Many thanks!

However, on my installation it seems iv3d only renders the red channel, as a 
grayscale image---if I set the red channel to 0, the rendering window is 
black, whereas if I change any of the other color channels there is no 
obvious 
effect. The exception is the alpha channel; if I set everything to some 
constant value (either 0, 128, or 255), the window comes up black, but if I 
allow the alpha channel to be random I indeed see a cubic volume (depending 
on 
whether there is information in the red channel).

Is there some setting I need to tweak? My header .dat file is the same as I 
posted yesterday. Does anyone have a file they want to send me that works for 
them? I'd be happy to test.

FWIW, this is running on 64bit, Kubuntu 9.10. I don't have a 32-bit machine 
that has an NVidia card in it. I upgraded via the PPA. Also, if I click the 
"stereo" checkbox, I see red/blue analglyphs, so I know it can render in 
color.

This raises a second issue I should probably mention: two days ago when I 
installed iv3d on my own laptop (32bit but with an ATI GPU, so the rendering 
won't work), I installed the "milestone release" 1.2.0. It worked as well as 
could be expected, meaning it started and converted files to UVF. But when I 
tried a "devbuild" release installed as a tarball I immediately got a 
segfault 
(without it ever opening a window), with this message in dmesg:

[144112.305471] ImageVis3D[22355]: segfault at 1 ip 002d0542 sp bfbc2140 
error 
4 in libQtCore.so.4.5.2[18c000+22b000]

I think I tried 2 of the 3 most recent tarballs, and they both showed this 
behavior. The ppa, however, works fine (except for rendering, that is). So 
for 
me personally this is not a pressing issue, but I thought you might want to 
know.
 
Sorry not to be able to report complete success, but certainly the file 
conversion proves that real progress is being made! And maybe I'm doing 
something foolish, in which case I'd be very grateful if someone could point 
me in the right direction.

Best,
--Tim

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