SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] Re: New Spline Tool (was Re: what's Painter::set_status for?)


Chronological Thread 
  • From: Michael Callahan <callahan@sci.utah.edu>
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: New Spline Tool (was Re: what's Painter::set_status for?)
  • Date: Tue, 13 Oct 2009 17:52:01 -0600
This Spline Too description is too light and I cannot tell what you are
wanting here.

The existing Polyline tool is not 3D.  It rasterizes onto the current
layer only.  Making a 3D version would be an interesting research
project in terms of how to make a reasonable GUI out of manipulating
control points.

2) The Speedline tools do something similar
On Tue, 2009-10-13 at 22:12 +0100, Ramón Casero Cañas wrote:
> http://paracommunications.org/wiki/index.php/Adding_a_new_filter_to_Seg3D#Spline_Tool
> 
> I have also written what I want to get with the Spline Tool, to have a 
> better idea of where I'm going:
> 
>      *  The 3D polygon is replaced by a 3D spline curve

The existing Polyline tool is not 3D.  It rasterizes onto the current
layer only.  Making a 3D version would be an interesting research
project in terms of how to make a reasonable GUI out of manipulating
control points.

>      * The Polyline Tool allows to fill the 2D projection of the 3D 
> polygon on the slice. The voxels within the 2D projection become "true" 
> voxels in the segmentation mask. The Spline Tool will also allow to set 
> to "true" just the voxels close to the spline (i.e. to create a "ring" 
> of voxels instead of a "polygon" of voxels)
>            o This has to happen in real time, so that the human user 
> gets visual feedback of where the spline is

The Speedlines tools are probably what you are wanting to look at here.
The speedlines tools are similar to the Polyline tool (and inherit from
it like you do).  Except that as a first step they create a speed
function which is basically an isocontouring of the original volume.
Then when you place or move the control points the minimum energy path
is computed between them such that the lines follow the data contours.

I am assuming that you want to compute the 'ring' of voxels for
interactive purposes rather than wanting to set that as your final
selection?

>      * Control points can be clicked in any order, and the program sorts 
> them so that we get a closed loop
>
> (I have already coded a prototype in Matlab for the last point, so I 
> know how to do it).

The Polyline tool already does this as it is used for making and editing
closed loops.  I'm not sure what the Matlab code would be for?

> Cheers,
> 
> Ramon.
> 


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page