SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] Re: Re: Mask Data Filter


Chronological Thread 
  • From: eschn1@umbc.edu
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Mask Data Filter
  • Date: Wed, 16 Jun 2010 13:38:12 -0400 (EDT)
  • Importance: Normal
Hi Kris,

Thanks for your response. I use the exact same process that you use for
Mask Data Filter so I don't have any different or additional steps to add.

The info for my label volume says:

This is a label volume.
Origin: 0 0 0
Spacing: 1 1 1
Size: 148 120 120
Space: Unknown
Volume: 2.1312e+006
Label Count: 45284
Label Volume: 45284
Label Volume Percentage: 2.12481

The info for my data volume says:

This is a data volume.
Origin: 0 0 0
Spacing: 1 1 1
Size: 148 120 120
Space: Unknown
Volume: 2.1312e+006
Min/Max: 30451 37939

I have also included some screen shots. Let me know if you need anymore
information and thanks again for the help.

Elizabeth Schneider


> Hello,
>      I will need some more information to help troubleshoot this issue.
> Would you please click on the "i" button on the right-hand Volumes panel
> for both the label volume and data volume you are using and email the
> contents of the Volume Information that is displayed?  I am specifically
> interested in the type of volume (it should say either "This is a data
> volume." or "This is a label volume.") and the Min/Max values.
>
>      Here is the process I use for Mask Data Filter:
> 1. Create segmentation of data (will be stored in a label volume)
> 2. Open Mask Data Filter
> 3. Select the label volume containing the segmented data
> 4. Either click the Set Mask Label button from the Mask Data panel OR go
> to the Edit menu -> Set Mask Label
> 5. Select the data volume containing the data to be masked
>
> At this point, you should have the label volume highlighted in a
> salmon/pinkish color and the data volume highlighted in a purple color.
>
> 6.  Click the Start button on the Mask Data panel
>
> Does this match what you are doing?  If not, please also email the exact
> steps you perform related to using the Mask Data Filter.
> It also may be helpful if you can email four screenshots:  one showing
> the segmented data, one showing the data that you want to mask, one
> showing the entire Seg3D window just before you click the Start button
> on the Mask Data panel, and one showing the result of the mask data.
>
> -Kris
>
> On 6/14/10 9:27 AM, eschn1@umbc.edu wrote:
>> Hello,
>>
>> I am having a problem with the Mask Data Filter. I am currently using
>> Seg3D
>> version 1.13.0 and am still new to the program. My task is to segment
>> pig
>> hearts from CT scans and create a gray scale mask of the pig heart. I
>> have been
>> using the Mask Data filter to create my final mask of the heart but the
>> weirdest thing keeps happening. The tutorial I have says that Mask Data
>> is
>> supposed to create a gray scale mask but it will alternate between
>> giving me a
>> gray scale mask and a binary mask. I don't know what cause it to switch
>> back
>> and forth. Right now all it's producing is binary masks when I use it.
>>
>> Does anyone know how to get Mask Data to only create a gray scale mask
>> (and no
>> binary masks) ?
>>
>
>
>

Attachment: After Mask Data.JPG
Description: JPEG image

Attachment: Before Mask Data.JPG
Description: JPEG image

Attachment: Segmented Data.JPG
Description: JPEG image


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page