SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help

[Seg3D] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter

Chronological Thread 
  • From:
  • To:
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter
  • Date: Mon, 21 Jun 2010 10:39:26 -0400 (EDT)
  • Importance: Normal

Hi Kris,

I wanna try ftping you two files (one session with an .img file that works
and another session with .tiff that doesn't) to your folder but right now
I do not have any login id for your ftp server so I am not authorized to
upload files. It also won't let me login anonymously. It there a way  that
I can gain authorization to your ftp server so I can upload the two


> Hi Elizabeth,
>      I'm not really sure what is going on.  It almost appears as though
> the mask you have created happens to grab values from the original image
> that are all the same value of 33195.  Your window/level screenshot is a
> little perplexing to me as I am used to seeing a histogram plot at the
> top of the window/level tool panel and didn't see that in your
> screenshot.  At this point there are a few things you can try, but these
> are guesses on my part:
> 1.  Try downloading the latest Seg3D 1.13 (I made a bad attempt at
> releasing 1.13 on April 16, that resided on the web for a few days until
> being resolved on April 22) and see if that helps at all.
> 2.  Try saving as some other file format from ImageJ or see what options
> are given when saving from ImageJ, maybe this is doing something
> unexpected to your data.
> 3.  Take the same set of requested screenshots and get the unmasked,
> segmentation and masked data volume information when working with a .img
> file that is successful, maybe we can see a difference between a data
> set that works for you and one that doesn't.  Preferably, you could do
> this for the same data set using both the .img and the .tiff files.
> -Kris
> On 6/16/10 2:53 PM, wrote:
>> Kris,
>> The info for the mask data volume is:
>> This is a data volume.
>>   Origin: 0 0 0
>>   Spacing: 1 1 1
>>   Size: 148 120 120
>>   Space: Unknown
>>   Volume: 2.1312e+006
>>   Min/Max: 0 33195
>> I tried to ftp the session to you but the computer I work at won't allow
>> it, so I included the screen shot you asked for. Also, I adjusted the
>> window/level was to get it to show some of the different gray values.
>> Another thing to add about the scan I was working with: The CT scan was
>> originally a .img file but I needed to reorient it in ImageJ and then
>> saved it as a series of .tiff files( .img wasn't a save option). Seg3D
>> is
>> only doing this to files that I first altered in ImageJ and saved as a
>> series of .tiff files.
>> Thanks again for your help.
>> Elizabeth
>>> Hi Elizabeth,
>>>      One other thing I forgot to ask for, can you also send the info
>>> for
>>> the masked data volume?  As far as I can tell from what you've sent so
>>> far everything looks like it should be working.  My current guess is
>>> that there are a very few discrete values in the masked data so that
>>> Seg3D applies a color map coloring these few discrete values the same
>>> and having the data appear to be binary.  Would you mind saving your
>>> Seg3D session and ftp'ing to ?  From there, please put
>>> the session file in upload/ForKris .  If this is not possible, please
>>> select your masked data volume, open Tools->Window/Level Tool, and take
>>> a screenshot of the full Seg3D window.  I'm hoping the histogram
>>> displayed by Window/Level Tool may give us some clues.  You may also
>>> try
>>> adjusting the window/level yourself to see whether the masked data
>>> really is binary or is just being displayed that way.
>>> Thanks!
>>> Kris
>>> On 6/16/10 11:38 AM, wrote:
>>>> Hi Kris,
>>>> Thanks for your response. I use the exact same process that you use
>>>> for
>>>> Mask Data Filter so I don't have any different or additional steps to
>>>> add.
>>>> The info for my label volume says:
>>>> This is a label volume.
>>>> Origin: 0 0 0
>>>> Spacing: 1 1 1
>>>> Size: 148 120 120
>>>> Space: Unknown
>>>> Volume: 2.1312e+006
>>>> Label Count: 45284
>>>> Label Volume: 45284
>>>> Label Volume Percentage: 2.12481
>>>> The info for my data volume says:
>>>> This is a data volume.
>>>> Origin: 0 0 0
>>>> Spacing: 1 1 1
>>>> Size: 148 120 120
>>>> Space: Unknown
>>>> Volume: 2.1312e+006
>>>> Min/Max: 30451 37939
>>>> I have also included some screen shots. Let me know if you need
>>>> anymore
>>>> information and thanks again for the help.
>>>> Elizabeth Schneider
>>>>> Hello,
>>>>>        I will need some more information to help troubleshoot this
>>>>> issue.
>>>>> Would you please click on the "i" button on the right-hand Volumes
>>>>> panel
>>>>> for both the label volume and data volume you are using and email the
>>>>> contents of the Volume Information that is displayed?  I am
>>>>> specifically
>>>>> interested in the type of volume (it should say either "This is a
>>>>> data
>>>>> volume." or "This is a label volume.") and the Min/Max values.
>>>>>        Here is the process I use for Mask Data Filter:
>>>>> 1. Create segmentation of data (will be stored in a label volume)
>>>>> 2. Open Mask Data Filter
>>>>> 3. Select the label volume containing the segmented data
>>>>> 4. Either click the Set Mask Label button from the Mask Data panel OR
>>>>> go
>>>>> to the Edit menu ->   Set Mask Label
>>>>> 5. Select the data volume containing the data to be masked
>>>>> At this point, you should have the label volume highlighted in a
>>>>> salmon/pinkish color and the data volume highlighted in a purple
>>>>> color.
>>>>> 6.  Click the Start button on the Mask Data panel
>>>>> Does this match what you are doing?  If not, please also email the
>>>>> exact
>>>>> steps you perform related to using the Mask Data Filter.
>>>>> It also may be helpful if you can email four screenshots:  one
>>>>> showing
>>>>> the segmented data, one showing the data that you want to mask, one
>>>>> showing the entire Seg3D window just before you click the Start
>>>>> button
>>>>> on the Mask Data panel, and one showing the result of the mask data.
>>>>> -Kris
>>>>> On 6/14/10 9:27 AM, wrote:
>>>>>> Hello,
>>>>>> I am having a problem with the Mask Data Filter. I am currently
>>>>>> using
>>>>>> Seg3D
>>>>>> version 1.13.0 and am still new to the program. My task is to
>>>>>> segment
>>>>>> pig
>>>>>> hearts from CT scans and create a gray scale mask of the pig heart.
>>>>>> I
>>>>>> have been
>>>>>> using the Mask Data filter to create my final mask of the heart but
>>>>>> the
>>>>>> weirdest thing keeps happening. The tutorial I have says that Mask
>>>>>> Data
>>>>>> is
>>>>>> supposed to create a gray scale mask but it will alternate between
>>>>>> giving me a
>>>>>> gray scale mask and a binary mask. I don't know what cause it to
>>>>>> switch
>>>>>> back
>>>>>> and forth. Right now all it's producing is binary masks when I use
>>>>>> it.
>>>>>> Does anyone know how to get Mask Data to only create a gray scale
>>>>>> mask
>>>>>> (and no
>>>>>> binary masks) ?

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page