SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help

[Seg3D] Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter

Chronological Thread 
  • From:
  • To:
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter
  • Date: Wed, 16 Jun 2010 16:53:28 -0400 (EDT)
  • Importance: Normal


The info for the mask data volume is:

This is a data volume.
 Origin: 0 0 0
 Spacing: 1 1 1
 Size: 148 120 120
 Space: Unknown
 Volume: 2.1312e+006
 Min/Max: 0 33195

I tried to ftp the session to you but the computer I work at won't allow
it, so I included the screen shot you asked for. Also, I adjusted the
window/level was to get it to show some of the different gray values.
Another thing to add about the scan I was working with: The CT scan was
originally a .img file but I needed to reorient it in ImageJ and then
saved it as a series of .tiff files( .img wasn't a save option). Seg3D is
only doing this to files that I first altered in ImageJ and saved as a
series of .tiff files.

Thanks again for your help.


> Hi Elizabeth,
>     One other thing I forgot to ask for, can you also send the info for
> the masked data volume?  As far as I can tell from what you've sent so
> far everything looks like it should be working.  My current guess is
> that there are a very few discrete values in the masked data so that
> Seg3D applies a color map coloring these few discrete values the same
> and having the data appear to be binary.  Would you mind saving your
> Seg3D session and ftp'ing to ?  From there, please put
> the session file in upload/ForKris .  If this is not possible, please
> select your masked data volume, open Tools->Window/Level Tool, and take
> a screenshot of the full Seg3D window.  I'm hoping the histogram
> displayed by Window/Level Tool may give us some clues.  You may also try
> adjusting the window/level yourself to see whether the masked data
> really is binary or is just being displayed that way.
> Thanks!
> Kris
> On 6/16/10 11:38 AM, wrote:
>> Hi Kris,
>> Thanks for your response. I use the exact same process that you use for
>> Mask Data Filter so I don't have any different or additional steps to
>> add.
>> The info for my label volume says:
>> This is a label volume.
>> Origin: 0 0 0
>> Spacing: 1 1 1
>> Size: 148 120 120
>> Space: Unknown
>> Volume: 2.1312e+006
>> Label Count: 45284
>> Label Volume: 45284
>> Label Volume Percentage: 2.12481
>> The info for my data volume says:
>> This is a data volume.
>> Origin: 0 0 0
>> Spacing: 1 1 1
>> Size: 148 120 120
>> Space: Unknown
>> Volume: 2.1312e+006
>> Min/Max: 30451 37939
>> I have also included some screen shots. Let me know if you need anymore
>> information and thanks again for the help.
>> Elizabeth Schneider
>>> Hello,
>>>       I will need some more information to help troubleshoot this
>>> issue.
>>> Would you please click on the "i" button on the right-hand Volumes
>>> panel
>>> for both the label volume and data volume you are using and email the
>>> contents of the Volume Information that is displayed?  I am
>>> specifically
>>> interested in the type of volume (it should say either "This is a data
>>> volume." or "This is a label volume.") and the Min/Max values.
>>>       Here is the process I use for Mask Data Filter:
>>> 1. Create segmentation of data (will be stored in a label volume)
>>> 2. Open Mask Data Filter
>>> 3. Select the label volume containing the segmented data
>>> 4. Either click the Set Mask Label button from the Mask Data panel OR
>>> go
>>> to the Edit menu ->  Set Mask Label
>>> 5. Select the data volume containing the data to be masked
>>> At this point, you should have the label volume highlighted in a
>>> salmon/pinkish color and the data volume highlighted in a purple color.
>>> 6.  Click the Start button on the Mask Data panel
>>> Does this match what you are doing?  If not, please also email the
>>> exact
>>> steps you perform related to using the Mask Data Filter.
>>> It also may be helpful if you can email four screenshots:  one showing
>>> the segmented data, one showing the data that you want to mask, one
>>> showing the entire Seg3D window just before you click the Start button
>>> on the Mask Data panel, and one showing the result of the mask data.
>>> -Kris
>>> On 6/14/10 9:27 AM, wrote:
>>>> Hello,
>>>> I am having a problem with the Mask Data Filter. I am currently using
>>>> Seg3D
>>>> version 1.13.0 and am still new to the program. My task is to segment
>>>> pig
>>>> hearts from CT scans and create a gray scale mask of the pig heart. I
>>>> have been
>>>> using the Mask Data filter to create my final mask of the heart but
>>>> the
>>>> weirdest thing keeps happening. The tutorial I have says that Mask
>>>> Data
>>>> is
>>>> supposed to create a gray scale mask but it will alternate between
>>>> giving me a
>>>> gray scale mask and a binary mask. I don't know what cause it to
>>>> switch
>>>> back
>>>> and forth. Right now all it's producing is binary masks when I use it.
>>>> Does anyone know how to get Mask Data to only create a gray scale mask
>>>> (and no
>>>> binary masks) ?

Attachment: Mask Data Volume.JPG
Description: JPEG image

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page