SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter


Chronological Thread 
  • From: eschn1@umbc.edu
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: Mask Data Filter
  • Date: Tue, 22 Jun 2010 16:03:45 -0400 (EDT)
  • Importance: Normal
Hi Kris,
   Thank you so much for finding the cause for the problem. I think I am
good from here, but if I have any future problems, I'll email you.
Thanks again.
Elizabeth

> Hi Elizabeth,
>     Another, and possibly simpler, option is to select the set masked
> value to New Minimum option on the Mask Data Filter prior to running the
> filter.  This will help with the visualization of the masked data, but
> may not be what you want for follow-on processing or analysis since the
> background will no longer be 0.
> -Kris
>
> On 6/21/10 6:58 PM, Kristen Zygmunt wrote:
>> Hi Elizabeth,
>>    I was able to look at the data and while the masked data appears to
>> be binary, there are actually many different values in the masked data
>> with values between 32644 and 33094.  You can see this by masking the
>> data, then selecting your original data volume.  Go to Tools ->
>> Threshold Tool and set lower to 32644 and upper to 33094.  If you move
>> the upper slider to a slightly lower value, you will start to see some
>> white appear from the masked data, this will also happen if you move
>> the lower slider to a slightly higher value.  Another way to see that
>> the masked data is not binary is to select the masked data and then
>> run Filters -> Histogram Equalization.  This will spread out the data
>> values more so that they are represented by a wider variety of
>> grayscale levels.
>>
>> What I think is happening is either when loading your data into ImageJ
>> or writing it out from ImageJ, ImageJ is quantizing the data to 16-bit
>> unsigned values.  When this happens, it spreads the data values out to
>> the range 0 to 65535 and then Seg3D applies a color map to this data.
>> Because the data you are interested in have values close together
>> (32644-33094) compared to the 0-65535 range, the color map displays
>> this data with one or possibly two very similar colors.
>>
>> In other words, Seg3D uses 256 different colors to represent data.  So
>> in the range 0-65535, the color will change every time the data
>> changes by 256, values 0-255 will have the same color, then values
>> 256-511 will have the next color, etc.  For the data that has not gone
>> through the ImageJ process, the data range is in this case -2536 to
>> 6043 which leads me to believe that the max possible range of your
>> data in .img format is -8192 to 8192.  This means the color will
>> change every time the data changes by 64, values -8192 through -8129
>> will have the same color, then values -8128 through -8064 will have
>> the next color and so on.  Therefore, your example .img file uses some
>> where around 8 different colors to represent the values in the masked
>> region.
>>
>> If you do the Filters -> Histogram Equalization for your .img example
>> and your .tiff example, you will see that the masked area looks very
>> similar.  Depending on the processing or analysis you are performing
>> after the masking, it may or may not matter that your data has
>> different absolute ranges if coming from .img vs .tiff.  If it does
>> matter to you, I'd suggest either seeing if you can get ImageJ to
>> output your data differently or sending all of your data through
>> ImageJ.  Unfortunately, Seg3D does not currently allow you to edit the
>> color map to improve the display, though we are looking at what it
>> would take to implement this feature.
>>
>> Please let me know if you have any more questions,
>> Kris
>>
>> On 6/21/10 11:55 AM, eschn1@umbc.edu wrote:
>>> Hey Kris,
>>>          I was able to log in anonymously and upload the two files
>>> into the
>>> upload folder. The file names are Session with Mask Data Issue
>>> (tiff file).ses and Session without MD issue (img file).ses .
>>> However, when I tried to upload the files to the ForKris folder,
>>> it would not allow it (even if I login again anonymously) saying I
>>> wasn't authorized to access the server.  Anyways, the files should
>>> be there in upload folder. Let me know if you need anything else.
>>> Elizabeth
>>>
>>>
>>>> Hi Elizabeth,
>>>>       Maybe there's a problem with the directory I created.  Try
>>>> ftping
>>>> to ftp.utah.sci.edu with username: anonymous and then cd into upload.
>>>> If possible, try cd into ForKris as well.  The server here should be
>>>> setup for anonymous ftp and has been tested recently.  If this still
>>>> doesn't work, perhaps we can setup a screen sharing session.
>>>> -Kris
>>>>
>>>> On 6/21/10 8:39 AM, eschn1@umbc.edu wrote:
>>>>> Hi Kris,
>>>>>
>>>>> I wanna try ftping you two files (one session with an .img file that
>>>>> works
>>>>> and another session with .tiff that doesn't) to your folder but right
>>>>> now
>>>>> I do not have any login id for your ftp server so I am not
>>>>> authorized to
>>>>> upload files. It also won't let me login anonymously. It there a way
>>>>> that
>>>>> I can gain authorization to your ftp server so I can upload the two
>>>>> sessions?
>>>>>
>>>>> Elizabeth
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>> Hi Elizabeth,
>>>>>>        I'm not really sure what is going on.  It almost appears as
>>>>>> though
>>>>>> the mask you have created happens to grab values from the original
>>>>>> image
>>>>>> that are all the same value of 33195.  Your window/level
>>>>>> screenshot is
>>>>>> a
>>>>>> little perplexing to me as I am used to seeing a histogram plot at
>>>>>> the
>>>>>> top of the window/level tool panel and didn't see that in your
>>>>>> screenshot.  At this point there are a few things you can try, but
>>>>>> these
>>>>>> are guesses on my part:
>>>>>>
>>>>>> 1.  Try downloading the latest Seg3D 1.13 (I made a bad attempt at
>>>>>> releasing 1.13 on April 16, that resided on the web for a few days
>>>>>> until
>>>>>> being resolved on April 22) and see if that helps at all.
>>>>>>
>>>>>> 2.  Try saving as some other file format from ImageJ or see what
>>>>>> options
>>>>>> are given when saving from ImageJ, maybe this is doing something
>>>>>> unexpected to your data.
>>>>>>
>>>>>> 3.  Take the same set of requested screenshots and get the unmasked,
>>>>>> segmentation and masked data volume information when working with a
>>>>>> .img
>>>>>> file that is successful, maybe we can see a difference between a
>>>>>> data
>>>>>> set that works for you and one that doesn't.  Preferably, you
>>>>>> could do
>>>>>> this for the same data set using both the .img and the .tiff files.
>>>>>>
>>>>>> -Kris
>>>>>>
>>>>>> On 6/16/10 2:53 PM, eschn1@umbc.edu wrote:
>>>>>>
>>>>>>> Kris,
>>>>>>>
>>>>>>> The info for the mask data volume is:
>>>>>>>
>>>>>>> This is a data volume.
>>>>>>>     Origin: 0 0 0
>>>>>>>     Spacing: 1 1 1
>>>>>>>     Size: 148 120 120
>>>>>>>     Space: Unknown
>>>>>>>     Volume: 2.1312e+006
>>>>>>>     Min/Max: 0 33195
>>>>>>>
>>>>>>> I tried to ftp the session to you but the computer I work at won't
>>>>>>> allow
>>>>>>> it, so I included the screen shot you asked for. Also, I adjusted
>>>>>>> the
>>>>>>> window/level was to get it to show some of the different gray
>>>>>>> values.
>>>>>>> Another thing to add about the scan I was working with: The CT scan
>>>>>>> was
>>>>>>> originally a .img file but I needed to reorient it in ImageJ and
>>>>>>> then
>>>>>>> saved it as a series of .tiff files( .img wasn't a save option).
>>>>>>> Seg3D
>>>>>>> is
>>>>>>> only doing this to files that I first altered in ImageJ and saved
>>>>>>> as a
>>>>>>> series of .tiff files.
>>>>>>>
>>>>>>> Thanks again for your help.
>>>>>>>
>>>>>>> Elizabeth
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>> Hi Elizabeth,
>>>>>>>>        One other thing I forgot to ask for, can you also send
>>>>>>>> the info
>>>>>>>> for
>>>>>>>> the masked data volume?  As far as I can tell from what you've
>>>>>>>> sent
>>>>>>>> so
>>>>>>>> far everything looks like it should be working.  My current
>>>>>>>> guess is
>>>>>>>> that there are a very few discrete values in the masked data so
>>>>>>>> that
>>>>>>>> Seg3D applies a color map coloring these few discrete values the
>>>>>>>> same
>>>>>>>> and having the data appear to be binary.  Would you mind saving
>>>>>>>> your
>>>>>>>> Seg3D session and ftp'ing to ftp.sci.utah.edu ?  From there,
>>>>>>>> please
>>>>>>>> put
>>>>>>>> the session file in upload/ForKris .  If this is not possible,
>>>>>>>> please
>>>>>>>> select your masked data volume, open Tools->Window/Level Tool, and
>>>>>>>> take
>>>>>>>> a screenshot of the full Seg3D window.  I'm hoping the histogram
>>>>>>>> displayed by Window/Level Tool may give us some clues.  You may
>>>>>>>> also
>>>>>>>> try
>>>>>>>> adjusting the window/level yourself to see whether the masked data
>>>>>>>> really is binary or is just being displayed that way.
>>>>>>>>
>>>>>>>> Thanks!
>>>>>>>> Kris
>>>>>>>>
>>>>>>>> On 6/16/10 11:38 AM, eschn1@umbc.edu wrote:
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>>> Hi Kris,
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Thanks for your response. I use the exact same process that you
>>>>>>>>> use
>>>>>>>>> for
>>>>>>>>> Mask Data Filter so I don't have any different or additional
>>>>>>>>> steps
>>>>>>>>> to
>>>>>>>>> add.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> The info for my label volume says:
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> This is a label volume.
>>>>>>>>> Origin: 0 0 0
>>>>>>>>> Spacing: 1 1 1
>>>>>>>>> Size: 148 120 120
>>>>>>>>> Space: Unknown
>>>>>>>>> Volume: 2.1312e+006
>>>>>>>>> Label Count: 45284
>>>>>>>>> Label Volume: 45284
>>>>>>>>> Label Volume Percentage: 2.12481
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> The info for my data volume says:
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> This is a data volume.
>>>>>>>>> Origin: 0 0 0
>>>>>>>>> Spacing: 1 1 1
>>>>>>>>> Size: 148 120 120
>>>>>>>>> Space: Unknown
>>>>>>>>> Volume: 2.1312e+006
>>>>>>>>> Min/Max: 30451 37939
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> I have also included some screen shots. Let me know if you need
>>>>>>>>> anymore
>>>>>>>>> information and thanks again for the help.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Elizabeth Schneider
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Hello,
>>>>>>>>>>          I will need some more information to help
>>>>>>>>>> troubleshoot this
>>>>>>>>>> issue.
>>>>>>>>>> Would you please click on the "i" button on the right-hand
>>>>>>>>>> Volumes
>>>>>>>>>> panel
>>>>>>>>>> for both the label volume and data volume you are using and
>>>>>>>>>> email
>>>>>>>>>> the
>>>>>>>>>> contents of the Volume Information that is displayed?  I am
>>>>>>>>>> specifically
>>>>>>>>>> interested in the type of volume (it should say either "This is
>>>>>>>>>> a
>>>>>>>>>> data
>>>>>>>>>> volume." or "This is a label volume.") and the Min/Max values.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>          Here is the process I use for Mask Data Filter:
>>>>>>>>>> 1. Create segmentation of data (will be stored in a label
>>>>>>>>>> volume)
>>>>>>>>>> 2. Open Mask Data Filter
>>>>>>>>>> 3. Select the label volume containing the segmented data
>>>>>>>>>> 4. Either click the Set Mask Label button from the Mask Data
>>>>>>>>>> panel
>>>>>>>>>> OR
>>>>>>>>>> go
>>>>>>>>>> to the Edit menu ->     Set Mask Label
>>>>>>>>>> 5. Select the data volume containing the data to be masked
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> At this point, you should have the label volume highlighted in a
>>>>>>>>>> salmon/pinkish color and the data volume highlighted in a purple
>>>>>>>>>> color.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> 6.  Click the Start button on the Mask Data panel
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Does this match what you are doing?  If not, please also email
>>>>>>>>>> the
>>>>>>>>>> exact
>>>>>>>>>> steps you perform related to using the Mask Data Filter.
>>>>>>>>>> It also may be helpful if you can email four screenshots:  one
>>>>>>>>>> showing
>>>>>>>>>> the segmented data, one showing the data that you want to
>>>>>>>>>> mask, one
>>>>>>>>>> showing the entire Seg3D window just before you click the Start
>>>>>>>>>> button
>>>>>>>>>> on the Mask Data panel, and one showing the result of the mask
>>>>>>>>>> data.
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> -Kris
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> On 6/14/10 9:27 AM, eschn1@umbc.edu wrote:
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Hello,
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> I am having a problem with the Mask Data Filter. I am currently
>>>>>>>>>>> using
>>>>>>>>>>> Seg3D
>>>>>>>>>>> version 1.13.0 and am still new to the program. My task is to
>>>>>>>>>>> segment
>>>>>>>>>>> pig
>>>>>>>>>>> hearts from CT scans and create a gray scale mask of the pig
>>>>>>>>>>> heart.
>>>>>>>>>>> I
>>>>>>>>>>> have been
>>>>>>>>>>> using the Mask Data filter to create my final mask of the heart
>>>>>>>>>>> but
>>>>>>>>>>> the
>>>>>>>>>>> weirdest thing keeps happening. The tutorial I have says that
>>>>>>>>>>> Mask
>>>>>>>>>>> Data
>>>>>>>>>>> is
>>>>>>>>>>> supposed to create a gray scale mask but it will alternate
>>>>>>>>>>> between
>>>>>>>>>>> giving me a
>>>>>>>>>>> gray scale mask and a binary mask. I don't know what cause it
>>>>>>>>>>> to
>>>>>>>>>>> switch
>>>>>>>>>>> back
>>>>>>>>>>> and forth. Right now all it's producing is binary masks when
>>>>>>>>>>> I use
>>>>>>>>>>> it.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Does anyone know how to get Mask Data to only create a gray
>>>>>>>>>>> scale
>>>>>>>>>>> mask
>>>>>>>>>>> (and no
>>>>>>>>>>> binary masks) ?
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>
>>>>
>>>>
>>>
>>
>
>
>



Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page