SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help

[Seg3D] Re: Re: Re: Mask Data Filter

Chronological Thread 
  • From: Kristen Zygmunt <>
  • To:
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: Mask Data Filter
  • Date: Wed, 16 Jun 2010 11:57:48 -0600

Hi Elizabeth,
One other thing I forgot to ask for, can you also send the info for the masked data volume? As far as I can tell from what you've sent so far everything looks like it should be working. My current guess is that there are a very few discrete values in the masked data so that Seg3D applies a color map coloring these few discrete values the same and having the data appear to be binary. Would you mind saving your Seg3D session and ftp'ing to ? From there, please put the session file in upload/ForKris . If this is not possible, please select your masked data volume, open Tools->Window/Level Tool, and take a screenshot of the full Seg3D window. I'm hoping the histogram displayed by Window/Level Tool may give us some clues. You may also try adjusting the window/level yourself to see whether the masked data really is binary or is just being displayed that way.


On 6/16/10 11:38 AM, wrote:
Hi Kris,

Thanks for your response. I use the exact same process that you use for
Mask Data Filter so I don't have any different or additional steps to add.

The info for my label volume says:

This is a label volume.
Origin: 0 0 0
Spacing: 1 1 1
Size: 148 120 120
Space: Unknown
Volume: 2.1312e+006
Label Count: 45284
Label Volume: 45284
Label Volume Percentage: 2.12481

The info for my data volume says:

This is a data volume.
Origin: 0 0 0
Spacing: 1 1 1
Size: 148 120 120
Space: Unknown
Volume: 2.1312e+006
Min/Max: 30451 37939

I have also included some screen shots. Let me know if you need anymore
information and thanks again for the help.

Elizabeth Schneider

      I will need some more information to help troubleshoot this issue.
Would you please click on the "i" button on the right-hand Volumes panel
for both the label volume and data volume you are using and email the
contents of the Volume Information that is displayed?  I am specifically
interested in the type of volume (it should say either "This is a data
volume." or "This is a label volume.") and the Min/Max values.

      Here is the process I use for Mask Data Filter:
1. Create segmentation of data (will be stored in a label volume)
2. Open Mask Data Filter
3. Select the label volume containing the segmented data
4. Either click the Set Mask Label button from the Mask Data panel OR go
to the Edit menu ->  Set Mask Label
5. Select the data volume containing the data to be masked

At this point, you should have the label volume highlighted in a
salmon/pinkish color and the data volume highlighted in a purple color.

6.  Click the Start button on the Mask Data panel

Does this match what you are doing?  If not, please also email the exact
steps you perform related to using the Mask Data Filter.
It also may be helpful if you can email four screenshots:  one showing
the segmented data, one showing the data that you want to mask, one
showing the entire Seg3D window just before you click the Start button
on the Mask Data panel, and one showing the result of the mask data.


On 6/14/10 9:27 AM, wrote:

I am having a problem with the Mask Data Filter. I am currently using
version 1.13.0 and am still new to the program. My task is to segment
hearts from CT scans and create a gray scale mask of the pig heart. I
have been
using the Mask Data filter to create my final mask of the heart but the
weirdest thing keeps happening. The tutorial I have says that Mask Data
supposed to create a gray scale mask but it will alternate between
giving me a
gray scale mask and a binary mask. I don't know what cause it to switch
and forth. Right now all it's producing is binary masks when I use it.

Does anyone know how to get Mask Data to only create a gray scale mask
(and no
binary masks) ?

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page